Após 12 anos exclusivamente dedicados ao grupo de Hermeto Pascoal, Carlos Malta inicia seu trabalho solo a partir de 1993, criando grupos emblemáticos como o Pife Muderno e o Coreto Urbano, bem como construindo sólidas parcerias musicais que frutificaram em inúmeros trabalhos, ao vivo e gravados, no Brasil e mundo afora.
O seu primeiro disco, Rainbow, em duo com o violoncelista suíço Daniel Pezzotti, marca a sua estreia fonográfica com indicação ao Prêmio Sharp de 1995. Na sequência vieram obras como O escultor do vento, onde Malta reuniu em torno de seus arranjos e composições uma seleção de músicos virtuosos que seriam seus parceiros constantes até os dias atuais. Fernando Moura é um desses parceiros de longa data e com ele Malta fez recentemente um mergulho na obra dos Beatles e o resultado é a obra BesOuros.
Sempre inspirado pelo melhor da música brasileira, Elis Regina, Pixinguinha e Dorival Caymmi foram as fontes de inspiração para Carlos Malta gravar os CDs Pimenta, Pixinguinha Alma e Corpo, e o mais recente, O mar amor.
DUO+DOIS, álbum lançado em 2019, também é com parceiros de muita estrada, o duo paulistano (violões), Duofel, e o rei da bateria brasileira, Robertinho Silva, com quem Malta já fez inúmeros trabalhos.
Um grande encontro de amigos, de vida e de som, também se deu na obra audiovisual (DVD) Banda Pequi, Lenine e Carlos Malta ao Vivo, com arranjos de Carlos Malta para a obra de um de seus maiores parceiros musicais, Lenine, com a regência do maestro Jarbas Cavendish, grande amigo e compadre de Malta, que partiu em 2019, fechando seu ciclo profissional com este belíssimo trabalho com a banda que formou, Banda Pequi.